Trong thời gian làm vua, Mạc Hiến Tông cho đúc tiền Quảng Hòa thông bảo. Ông tiếp tục có những cải cách tiến bộ: công cấp điền địa và cũng coi trọng nghề văn. Trong 6 năm ông đã cho mở hai khoa thi để kén chọn hiền tài, Nguyễn Kỳ đỗ thủ khoa khoa thi 1541, Vũ Khúc đỗ đầu khoa thi năm 1544.

Mạc Hiến Tông lâm bệnh mất ngày 8 tháng 5 năm 1546. Ông ở ngôi được 6 năm. Con ông là Mạc Phúc Nguyên lên nối ngôi, tức là Mạc Tuyên Tông.